Sejarah Puskesmas Batuan berdiri sejak tahun 2008 tepatnya diresmikan pada tanggal 22 Desember 2008. Puskesmas Batuan merupakan pengembangan dari Pustu Batuan yang pada awalnya masuk wilayah kerja Puskesmas Pandian Kecamatan Kota Sumenep. Setelah adanya pemekaran wilayah kecamatan dimana Kecamatan Kota Sumenep sebagian wilayah dipecah menjadi Kecamatan baru yang bernama Kecamatan Batuan, maka dibangunlah salah satu fasilitas kesehatan masyarakat yang diletakkan di Desa Batuan yang selanjutnya bernama Puskesmas Batuan. Dan untuk selanjutnya Puskesmas Batuan secara bertahap mengalami perkembangan baik dari segi SDM, Sarana Prasarana maupun Pelayanan Kesehatan yang diberikan kepada masyarakat. Identitas dari  Puskesmas Batuan Kabupaten Sumenep adalah sebagai berikut: 

No. Kode Puskesmas  : 1033206

Alamat                       : Jln. Raya Lenteng  

Desa                         : Batuan

Kecamatan                : Batuan

Kabupaten                 : Sumenep

Kode Pos                    : 69451 

Puskesmas Batuan merupakan instansi yang bergerak di bidang pelayanan kesehatan disalah satu Pemerintah Kabupaten Sumenep di bawah naungan Dinas Kesehatan Kabupaten Sumenep termasuk dalam wilayah Kecamatan Batuan. Puskesmas Batuan terletak di Desa Batuan Kecamatan Batuan Kabupaten Sumenep.

Kepala  Puskesmas Batuan yang menjabat dari awal berdiri sampai sekarang berturut-turut adalah :

1.     drg. TATIK KRISTIOWATI (2008-2010)

2.     drg. NURUL HAYATI, M.Si (2011-2014)

3.     drg. EKHTIYANTO CAHYADI K.Y (2015)

4.     DESY FEBRIYANA, S.ST. M.MKes (2015-2022)

5.     dr. SARI YULI YARTI, M.Kes (2022-sekarang)

Kecamatan Batuan memiliki luas wilayah 27, 11km², jumlah desa/ kelurahan sebanyak 7 desa, terdiri dari 23 dusun.

          Berdasarkan keadaan geografisnya Kecamatan Batuan mempunyai luas wilayah 27,11 km² yang berada pada ketinggian kurang dari 500 meter dari permukaan laut atau termasuk dalam kategori daerah dataran rendah. Kecamatan Batuanmemiliki batas-batas wilayah sebagai berikut:

·         Sebelah Utara               :   Kecamatan Rubaru

·         Sebelah Timur              :   Kecamatan Sumenep

·         Sebelah Selatan            :   Kecamatan Saroggi

·         Sebelah  Barat              :   Kecamatan Lenteng

         Sedangkan wilayah kerja Puskesmas Batuan, memiliki 7 desa yang terbagi dalam 23 Dusun.

Desa yang ada di Wilayah Kecamatan Batuan Kabupaten Sumenep yang meliputi :

1.     Desa Batuan

2.     Desa Torbang

3.     Desa Gelugur

4.     Desa Babbalan

5.     Desa Gedungan

6.     Desa Gunggung

7.     Desa Patean 

Desa terjauh dengan Puskesmas         : Desa Patean dengan Jarak tempuh dengan Puskesmas   : ± 5 Km²

Dan desa terdekat dengan Puskesmas adalah Desa Batuan dengan Jarak tempuh dengan Puskesmas : ± 0,5-1 Km². Tranportasi yang biasa dipakai menuju Puskesmas Batuan diantaranya mobil, sepeda motor, becak.